《仁学》上卷，先是宣扬仁以通为第一义，破人我界，破名教，是宣扬平等。
其次讲仁的不生不灭，破生死界，破对待，破亲疏分别，提倡兼爱，是宣扬博爱。
其三是宣扬维新，强调革新，崇奢黜俭，要求动反对静，宣扬资产阶级的观点。
其四部分反对封建伦常，要破除封建等级制度，宣扬资产阶级民主。
《仁学》下卷先是批封建专制主义，反对民族压迫，其次批三纲的罪恶，宣扬科学民主，这两部分是宣扬资产阶级民主。
其三是提出以心力挽劫运，是唯心的空想，但这里要求破除我执，打破人我的界限，具有平等思想。
其四讲进入大同，是唯心的，但含有人人得自由的思想。
谭嗣同杂糅儒、释、道、墨各家和西方资产阶级自然科学、社会政治经济学说，形成了独特的哲学体系。
他认为世界是由物质的原质所构成，其本体是“仁”，世界的存在和发展都是由于“仁”的作用，故称他的哲学为“仁学”。
“仁”是万物之源，它“以通为第一义”。
而“以太”则是沟通世界成为一个整体的桥梁。
“以太”构成万物的本质，充满宇宙之间，自然界和人类社会的—切现象，都是从“以太”派生出来，并成为“以太”的一部分。
认为“以太”本身是“不生不灭”的，宇宙间各种事物，只有“变易”，没有“存亡”；只有“聚散”，没有“生灭”。
肯定了自然界和人类社会不是静止的、停顿的，而是不断运动、变化和发展的，批判了“天不变，道亦不变”的封建顽固思想。
从变易中论证其改革社会制度的政治理想。
他认为封建“名教”是维护专制主义的精神支柱，从而猛烈抨击三纲五常“钳制天下”，杀人“灵魂“，惨祸烈毒达于极点，号召人们冲决君主、伦常、利禄、俗学、天命、佛法等封建网罗。
指斥二千年来封建专制制度为“大盗“之政，专制君主是“独夫民贼”，一切罪恶的渊薮。
宣传“君末民本”的民权说，认为“君”不过是“民”根据需要所共举，“君”如不能为“民”办事，亦可共废，否定了“君权神授”。
书中表同情于太平天国农民革命运动，痛恨曾国藩及湘军的暴行。