安徽医科大学第一附属医院是安徽省规模最大的、集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的综合性教学医院。前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年响应党和政府号召，随校内迁至安徽怀远县，1952年迁至合肥市。1993年成为卫生部首批三级甲等医院。
医院目前占地面积225亩，总建筑面积37万平方米。现有在职职工4000余人，开放病床2800张，设临床科室41个，医技科室19个，临床教研室26个。医院是临床医学博士学位授权一级学科点和临床医学博士专业学位研究生培养单位，1个临床博士后科研流动站，硕士学位点覆盖所有的临床科室。2011年1月，建筑面积约30.7万平方米、开放床位近2000张的高新分院项目签约，预计2013年正式投入使用。
医院拥有一批高素质的专家队伍，其中博士生导师42人，副高职称以上专家650人，博士和在读博士200余人，硕士300余人，享受国务院和省政府特殊津贴120人，担任省级以上医学学术团体负责人60多人，有7人入选全国"百千万人才工程"，6人被国家人事部、卫生部授予“有突出贡献的中青年专家”，省厅以上跨世纪学术技术带头人、骨干教师107人，位居安徽省医疗机构第一。
医院年门诊量215余万人次，年住院病人10.6万余人次，年手术4万余台次，年教学工作量约1.7万学时，年接收实习生、进修医生1000余人。
医院学科齐全，重点学科数在安徽省医疗机构中最多，有国家级重点学科1个，国家级重点专科2个，安徽省级A类重点学科1个，安徽省级B类重点学科5个，安徽省临床医学重点学科7个，安徽省临床医学重点发展学科16个，安徽省临床医学重点扶持学科2个，安医大重点学科和重点扶持学科8个。省级重点实验室4个，省部级共建重点实验室1个，教育部重点实验室1个，国家重点实验室培育基地1个。
医院坚持科教兴院战略，学科技术水平不断取得新的突破，银屑病的遗传学研究、红斑狼疮和白癜风易感基因研究处于国际领先水平，同种异体肝脏移植、自体干细胞移植、异体干细胞移植、异体肾脏移植、体外循环、心脏不停跳冠脉搭桥、心脑血管介入治疗、胸腔和腹腔微创手术、辅助生殖技术、断指再植和显微外科等专业技术水平处国内先进水平。在中西医结合治疗大面积烧伤、微粒皮移植、显微输卵管复通手术、眼角膜移植、人工晶体植入术和眼激光治疗、小儿脑瘫康复治疗等方面积累了丰富的经验,处省内领先地位。
近五年，医院承担包括中国人银屑病易感基因研究、大别山隔离人群遗传资源调查等国家863计划和973计划、国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研课题200余项，其中2005-2010年共获国家自然科学基金76项；获省部级以上奖项55余项，其中获国家科技进步二等奖1项，教育部自然科学一等奖1项，连续两年获中华医学科技一等奖，都填补了安徽省医疗行业获国家级奖项的空白。医院每年发表学术论文1000余篇，SCI收录论文110余篇，出版专著达50余部，并主办5种国内外公开发行杂志：《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》、《临床肺科杂志》。医院与美国、荷兰、德国、日本、香港等国家和地区的科学研究机构建立了密切的科研合作关系。