在村级合作经济中会计核算工作是一个重要环节，有着不可忽视的作用。然而在实际工作中，村合作经济的会计核算仍然存在一些问题。
１、记帐方法不规范。新的会计制度规定会计核算的记帐方法统一于借贷记帐法。而村合作经济组织中，一些村委会仍采用“增减记帐法”，而村民组则采用“现金收付记帐法”。有些村委会计如同出纳，采取流水式记帐方法，一旦出现差错，很难查找。另外，记帐、报表编制不及时，财务信息缺乏时效性，有的村委会计当年的凭证第二年才入帐，某些收入凭证，累计半年甚至一年才入帐。报表有的编制迟缓，有的一年才编制一次报表。
２、会计科目设置不规范。如设置“提成”科目核算所属企业上交的承包利润，设置“私人投资办厂投入”科目，核算收到投资者投入的资本，村民组则设置一些诸如“总收入”、“总支出”科目核算，这些均不符合新会计制度。
３、不按规范核算支取现金 有些村委会连最基本的现金出纳制度都不健全，甚至村干部人人都可以收钱，人人都可以花钱，不受任何约束，白条抵库现象严重。会计有时图省事，当好好先生，借款人借款时既不盖章也不签字，以致造成不应有的矛盾和纠纷。另外有些出纳员在填写现金支票时不规范，大写金额前留有空隙，小写金额前又没写人民币符号“￥”，给一些不法分子钻空子，多提现金致使出纳员有口难辩，造成不应有的损失。
４、收款票据不规范 有的村委财会人员在向农户收缴“三提五统”款、县乡公路建勤费、粮食定购任务差价款等费用时，给农户开的收据只写“收‘三提五统’款合计××元”，各个项目不写清楚，在入帐时，粮食定购差价款就漏掉了。另记帐凭证附件不完整，某些收取土地征用补偿费的凭证，只附有“收款收据”而未附土地征用合同或协议。有的在发货票的填写和入帐上不规范，发货票不填写事由、用途，也没有经手人、验收人签章，财会人员如不严格按章办事，不检查即入帐或付款，日久之后谁也说不清楚。
５、错帐更正方法不规范 不同的错帐要采取不同的更正方法。例如，记帐所依据的记帐凭证错误，无疑依据错误的凭证记帐簿记录也是错误的，这种错误的更正，要采用红字冲销法，而某些村会计为了省事，往往采用划线更正，这是不规范的。有时帐簿记错，还常采用随便刮擦，以药水退色或乱用红黑水等错误的更正方法。另外，还存在错帐更正不及时的情况，如有一村会计在给某农户结算一笔农机作业费，开发票时少算了一百元，当时并未及时找当事人纠正，年底结算时，会计按纠正过来的正确数额收款，这一农户拿出当时开的发票不认帐，无奈会计只好赔偿１００元。
６、会计档案管理不严 某些村委会的会计凭证，一直不按规定装订成册，对于一些重要单据如拨付款单据，主管会计也不及时整理单独立卷保管，而是随便存放。各种会计档案没有按规定如期归档保管，按规定程序销毁等。
针对以上问题，我们要采取以下相应对策：
１、建立健全各种财务会计制度 有村级财务管理制度、财务人员岗位责任制、现金管理制度、财务监督制度等，通过这些制度的健全和实施，使财会人员有章可循，有规可依，从而使村级财务工作规范化。
２、建立一支相对稳定的会计队伍 现有的会计人员一般是由各村选派的，虽然其业务受政府农经部门指导，但在很大程度上受村委领导意志制约，无力行使会计职权，当会计人员不合村领导的要求时，就要被批评指责甚至撤换，致使会计人员调换频繁，不利于会计核算的正常衔接，解决的办法是建立专业会计队伍的管理体制，设立会计服务站或会计服务公司，采用人员选聘、双重管理、合理收费、共同考核。
３、提高财务人员的业务水平和思想素质 各级村合作经济组织主管部门要针对目前存在的有代表性、普遍性的问题，采取上岗培训、在岗培训、专业培训等各种形式，分对象、分层次举办新会计制度的短期培训班，争取在较短的时间内对在岗人员分期分批轮训一次。同时，大中型村合作经济组织，可选派１～２名有培养前途的会计人员参加专业培训，为村合作经济组织培养“永久牌”的专业会计人才。
４、加强对会计工作的检查监督 首先可由主管部门配备２～３名有工作经验，工作认真负责的专职会计督导员，经常深入村级会计组织进行检查监督，发现问题及时纠正。二是开展互审互查。主管部门可以集中村级会计，从中挑选组成检查小组，对各村合作经济组织的会计核算的内容、方法以及凭证、帐簿、报表等资料进行全面检查，并将检查结果及时向各村合作经济组织通报，对会计核算做得好的经济组织，可以表彰、奖励；做得差的要找出原因，提出批评。