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129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件
1.这个药名我是绝对不会弄错的。
因为那是组织命令我调制的药。
2.我不叫灰原哀。
Sherry，那才是我的代号。
没有想到吧，高中生侦探——工藤新一？
3.你是我非常感兴趣的研究对象，所以我想让你活着，如果向组织报告，你可能在送到我这里之前就被杀了。
4.没办法，我本来也不是想打算做什么毒药的。
5.放弃吧，工藤君，这件案子已经……将军了。
6.为什么，你当时为什么不救我姐姐呢？……你既然这么有推理能力，我姐姐那件事你应该很容易就看透了啊！可是，你为什么没有！
130竞技场无差别恐吓事件（前篇）
1.名侦探一遇到足球，就变成一个不折不扣的少年了。
2.工藤新一，你大概做梦也没想到，你已经深深地介入了我们组织从半世纪前就开始进行的秘密计划。
131竞技场无差别胁迫事件（后篇）
1.人是不可能逆转时间的，如果要勉强扭曲它的话，人类会受到惩罚。
2.不愧是工藤，靠这点线索也能找出歹徒，我对你越来越有兴趣了。
3.其实我是和你相当的18岁呢……
136青色古堡探索事件（前篇）
1.太好了呢，这个，不是你最喜欢的暗号么？不对吗？
2.放心吧，我对他根本没有那种感觉。
（对步美）
3.要解开这个谜题，我看只有那个在城堡里失踪而且好奇心旺盛的推理狂才办得到吧。
138最后上映的杀人事件（前篇）
1.想不到名侦探也会有搞不定的事情。
2.人类的科学所创造出来的悲剧，你不觉得很可怕吗？
3.这不是很好么……偶尔让脑细胞休息，享受一下休闲时光。
这也是我今天的计划……用脑过度会和博士一样秃头的。
139最后上映的杀人事件（后篇）
1.你还真平静。
我每天早上看见这个都会全身发冷。
我会问，“你到底是谁？”
2.我也觉得很抱歉。
害得追逐真相的你，必须不断地欺骗大家，就算什么都可以真实反映出来的镜子，也反映不出真正的你。
（后一句也可翻译成“镜子里显示出来的永远只是真实的影像，而不是真实的自己”）
156本厅刑事恋爱物语2（前篇）
不会错，她开始发觉你的身份了。
如果你再继续隐瞒下去的话，根本没意思了，只会伤害她而已。
能够看透邪恶的你这双正义之眼，还是不能明白女人心。
她爱上你了，自从第一次见面之后，看来你并没有发觉，假面超人？（少年侦探团排练话剧时的台词)
176～178与黑暗组织的再会
1.工藤，你什么都不知道……对方不是单凭你就能应付的角色。
稍微露出破绽就完蛋了，组织是不会放过我们的。
也许就和我做的梦一般……现在街上正有某个人……盯着我们……
2.你还挺有正义感的嘛。
不过别把我算进去，我对正义这种抽象的东西没兴趣，而且我觉得到那么危险的地方也不能做什么。
3.我不想再让你喊我是凶手了。
4.那脱下眼镜的你就是超人喽？……谢谢，至少还有些安慰作用。
5.听着，因为我可能就没有机会跟你说话了。
6.没错，将可疑的部分全部消灭，这就是他们的做法。
你应该很清楚吧，我们现在绝不能被任何人发现我们的真实身份。
188危命的复活洞窟中的侦探团
难道我……在逃避？开什么玩笑。
190危命的复活第三种选择
1.如果真是这样，我就会按刚才的做。
不过大多会被组织发现后灭口。
2.真是不好意思，看来我的体内还是流着冷酷的黑色的血。
192危命的复活新一回来了
笨蛋，如果你出了事，我难保不会遭到池鱼之殃，所以只好先不恢复原貌帮你，而且，你吃的只是试用解药，我还要仔细观察之后，再决定自己是否要吃。
194意味深长的八音盒（前篇）
不行——对你这个一遇到案件，就不管三七二十一出面去解决的推理狂，我实在不能把解药轻易给你。
205本厅刑事恋爱物语3（前篇）
我要PRADA最新款的手袋。
212蘑菇、山熊和侦探队（前篇）
1.苹果是禁果。
以前亚当和夏娃吃过后，就被逐出了伊甸园。
所以它是“明辨是非的知识果实”。
2.重要的不是跟谁学的知识，而是要把这些知识活用，现在的你对我来说是最好的救护人员。
谢谢你帮了我。
（对光彦）
230迷一样的乘客（前篇）
你正经一点行不行？
231迷一样的乘客（后篇）
1.对，这是最好的办法。
即使侥幸逃过了这一次，等录口供的时候不管我愿不愿意都得跟那个人见面，如果我就这么消失了，我跟组织以及其他人之间的连接点也就跟着消失了。
2.我明明早就知道…明明早就知道从自己逃出组织起，这个世界上就没有我的容身之处了……我……真傻……我真傻对不对，姐姐？
3.这不是我的血，对，这是那个为了救我的那个傻瓜流的血。
看来你欠我的人情这次是还清了，工藤。
233无法消失的证据（前篇）
1.被朋友排挤的危险人物，这样诠释其实对我来说也再恰当不过了。
2.如果我像玛丽皇后一样化作断头台上的露水的话，它会不会像她的爱犬迪比一样追随我投身于塞纳河里呢？
3.不是瞧不起，是没救了。
（对柯南）
234无法消失的证据（后篇）
（对小狗亚瑟）傻孩子，已经没有人在生你的气了，你放心好了。
242元太的灾难
如果你以前不知道的话，那现在给我记住了，Gin，也是个左撇子。
246陷入网中的谜团（前篇）
我只是觉得无路可逃，不是鲨鱼，对方是一只海豚，没错，海豚是海洋中最受欢迎的哺乳动物。
如果是从又黑又冷的海底逃出来的鲨鱼根本不能和它相提并论。
247陷入网中的谜团（后篇）
勇气，挺身而出的，正义的字眼……我叫灰原哀。
请多多指教。
（解开心结后第一次正式向毛利兰作自我介绍）
258来自芝加哥的男人（前篇）
这和某人每天只会不厌其烦地寻找血淋淋的推理情节的兴趣相比，要好得多了。
266情人节的真相（事件篇）
1.每到这个日子就送心仪对象巧克力的这种恋爱游戏，大概只有在日本才有。
其实情人节这一天的由来，是跟一个遭人严刑拷问最后被处死的神父圣瓦伦丁有关。
2.所有的男孩子在收到巧克力之后，都会得意忘形的。
3.你侦探事务所的那个女朋友呢？希望到时你们可别像血染的情人节那样，留下痛苦的回忆。
269犯罪的纪念品（前篇）
1.看来你似乎已经顺利地用某种方法，从你那个看起来有点悲哀的女朋友那里拿到巧克力了。
2.物品会反映出创作者的心境。
你看这些巧克力。
虽然脸上带着笑容，可是表情是悲伤的，心里明明很难过，不过还是强忍着泪水，硬挤出一丝笑容。
真的是太勉强了。
（评论毛利兰做的巧克力）
270犯罪的纪念品（后篇）
1.只要被正义感驱使，就不考虑任何后果地追求事情的真相。
为了不让别人受到伤害，自己背负一切。
你这种像少年一样的天真性格，让人看了之后更加感兴趣。
但你知道吗？你这种干净的香味，反而会使她、我还有你自己，被这种既孤独又危险的味道牢牢地束缚住。
2.你的脸上写满了担心两个字。
是不是和你那个重要的女朋友有关？我就知道男孩子都一样，只要一收到巧克力，就会得意忘形。
（对柯南）
3.很痛苦吧，我们都是……
4.花是纤弱而短命的，即使维护起来，它们依然因喜恋阳光而枯萎，一旦暴风雨袭来，再金贵的栅栏也保护不了它们。
你到底懂不懂啊，工藤。
（评论毛利兰的话）
279迷宫的足球流氓（前篇）
1.那是当然的，因为背叛者是没有容身之处的。
2.这样不是很好吗？可以忘记一切，远走高飞，逃到一个听不见任何嘘声的，遥远的地方。
280迷宫的足球流氓（后篇）
你不是告诉过我，不要逃避自己的命运吗？你会保护我的对不对？不过我不像温室里弱不禁风的花朵，我不需要你的保护。
290迷途森林的光彦（后篇）
所以我才觉得困扰，因为我没有任何感觉。
我姐姐在发生那件事情之前，我也是感觉不到任何不寻常，这是我查觉危险唯一方法。
我因为习惯了这种和平生活而变得迟钝了。
看来我是越来越不行了。
304震动的警视厅1200万人质
1.没错，歹徒就像小孩子，是一个手上握有炸弹玩具的恶劣小子。
2.对于一个死去的人，会以最美好的回忆永远留在心里，就像某人一样。
3.我听到了，恶魔的呼唤。
4.你拆除炸弹是正确的，为互不相识的人牺牲自己生命是很愚蠢的。
312染上夕阳的布偶（前篇）
1.嗯，知道得很详细啊，虽然你（柯南）是男孩子。
2.我没跟你说过吗？我在懂事之前就被送到美国读书去了，亲手碰到女儿节人偶这还是第一次。
爸爸妈妈好像给姐姐买过一套，但是他们在生下我之后不久就死了，姐姐为了不勾起苦涩的回忆一直没有把人偶摆出来。
3.秘药，是可以操纵人的生死的秘药，这样的回答你满意了吗？
4.放心吧，我研究的目的不是这种梦想的药，是这个地球上几乎所有的人，都无法认识它的价值的可怕的东西，就像只有在这个小国家的女孩子才会重视的女儿节人偶一样。
313染上夕阳的布偶（后篇）
夕阳，就是以血染世界，太阳的终结者。
不知我这一生还有几次，能看到这种悲伤的色彩。
330金钱买不到的友情（后篇）
就像汽水的自动贩卖机一样，放钱进去就能解渴，不放钱的话就什么也没有。
金钱是买不到人心的。
335东京显影所的秘密（前篇）
1.原来如此，从爸爸那里遗传到推理能力，爱出风头满怀自信、使用变声机时的演技、加上生气的时候毫不考虑后果的危险行动这些地方，果然是从母亲那里遗传来的。
2.毕竟还是些小孩子，和我们不一样。
3384台保时捷（前篇）
是感冒而已，不用大惊小怪地来看我。
340厕所里隐藏的秘密（前篇）
你还是不知道，什么都不知道。
不过，我也不希望你知道。
341厕所里隐藏的秘密（后篇）
1.因为我想知道，这样不行吗？想知道我的父母是不是像组织里传说的那种人物。
特别是在见到你那么阳光的妈妈之后。
2.不过，虽说是离开。
其实根本没有什么地方可去。
3.等，等一下！难道就是你现在在听的吗？！不行，不要听！！这不是你该知道的事情！！再深入的话恐怕你真的会被……
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
1.不要，工藤，这里应该由我来面对，这和你一点关系也没有。
所以、所以……你不要死，我不许你死！
2.我不是来送死的，我来是为了结束这一切。
就算被你抓起来了，只要我还活着，你们的追踪就会继续下去，以我的生命交换，你一个人的约定：除我以外，你不能对其它任何人出手。
绝对不能。
（对贝尔摩德）
347寻找屁股上的印记（后篇）
1.（对步美）不行的，如果犯人没有被逮捕的话，事情可能就会一发不可收拾。
不只是你，周围与你有关的人都可能会遭到犯人的报复。
2.（对步美）你想把犯人绳之以法的心情我可以理解，但是隐藏自己也是需要勇气的。
3.我拒绝。
通过改变名字和住址变为另一个人的话，或许真的可以安全些。
但那样会变得不断地重复同一件事。
担心受怕地生活，如果自己的藏身之处被发现的话，又要再度地变为另一个人，永远地循环下去，而且，我还没有完全信任你们FBI还有……还有……就是……因、因为我不想逃避。
366显而易见的码头惨剧（前篇）
偶尔换换心情也不错呢，在这个被称为人类之母的大海里，吹吹海风也不错呢。
367显而易见的码头惨剧（后篇）
（柯南：人类的体温对鱼来说太灼热了。
）是的，对我来说太灼热了，快要被灼伤了。
427神秘的上学路（前篇）
如果她（指雨宫祥子）是那种会把心事藏于心底的人，就另当别论了……好像某个人一样……
435以侦探团为焦点的专访（前篇）
高木警官和目暮警官已经有免疫力了，小林老师可是第一次听到你的推理，有点不知所措啊，稍微收敛点比较好啊……你平时做得不是挺好的吗？啊呀呀？这样。
好奇怪啊？这样。
有点傻的小孩的样子。
你应该明白吧，如果你的名侦探作风被越来越多的人知道的话，迟早会传到他们的耳朵里。
4601年B班大作战
1.真是傻瓜，既然他都解得开，那我们哪有解不开的道理，何况这是小林老师专为我们小学生设计的暗号，并不是留在命案现场令人费解的死前留言或是藏宝图，应该光靠我们的力量就能解开才对呀，根本没理由一开始就打退堂鼓吧。
2.这没有什么不好意思的，方言是语言的属性，暂时不用可以，但是绝不应该扔掉，那里面可记录着你成长的重要的信息。
3.我总算了解一点工藤的辛苦了。
488电视台的恶魔
1.恶魔的世界也很残酷呀。
2.简直如同童话一般，当恶魔留下眼泪的同时，也就失去了魔力。
495红与黑的碰撞昏睡
就像FBI被称为“事务所”一样，“Company”也是俗称，是为了贯彻执行美利坚合众国的国策，收集情报，进行对外工作，直属于总统的间谍情报机关，就是CIA。
501红与黑的碰撞嫌疑
1.这个你应该知道吧，最好不要太小看组织了，特别是Gin。
2.真的明白吗？还有那个瑛佑他说他接受证人保护计划吗......是啊，我当时也不接受的。
3.说起来那个秀一我很感兴趣呢，无论怎么样，他可是愿意听你这个一年级小学生意见的FBI的厉害人物呀，我很感兴趣呀......什么，有什么原因不能让我见见吗......难道说、难道说……那个人不会是Loli控吧？
509红白黄色与侦探团
1.这表示很和平呀，不是很好吗？
2.这个感觉！盯得猎物无法动弹的视线，将猎物剖腹断肠般的压迫感……在！就在这附近！有组织的同伙！
3.在这里，绝对就在这里，刚才给我沉重压迫感的，组织的同伙。
如果不快点知道他是谁的话，如果不做点什么的话，这些孩子也会受到牵连的……
523真正想问的事
傻瓜（对毛利兰），你仔细看看吧。
工藤穿着的外套的左边，从袖口下面一直到侧边，不都是裁开然后用别针别上的吗？那是他左手被你拽着穿衣服的证据。
所以你没什么不甘心的。
536消失的名画的秘密
真完美，完美的让我头晕……
587基德VS四神侦探团
是啊……不该看到的东西你也看到了……色狼……
598蒸汽密室的剧本（后篇）
嘛～小孩子的裸体什么的……就算被看到……也无所谓的吧～（对柯南）
622紧急事态252（前篇）
1.（冷调吐字……对柯南）你不会，真的，向她告白了吧？~（后可以看出柯南无奈的半月眼加脸红）
2.不过这也没办法……对于一个拼命想要躲藏的人，还能坚持不懈地追到底，非要把他找出来才罢休，拥有这样的能力的人才是真的鬼呢！
656博士的视频网站（前篇）
这不是你的错，我才是罪魁祸首，这一切都是因为我的这种糟糕的境遇导致的！
剧场版
M4《瞳孔中的暗杀者》
如果是我，可以的话，倒宁可失去记忆，这样就可以忘记一切，姐姐被杀和以及我成为组织一员制作毒药的事，如果都能忘了，做一个单纯的小学生灰原哀，不知该有多好……然后，就能跟你永远……永远这样……开玩笑的，精神好点了没有？
M5《通向天国的倒计时》
1.也许这说明十年后我们都不在这个世界上了呢？
2.我的心情谁都不会了解！
3.昨天真的很抱歉，我也知道这样做是很危险的，也知道得把这个习惯改掉才行，可是只要我一个人觉得寂寞、害怕得不得了的时候，就会不知不觉地拿起话筒，只想听听不到十秒的……姐姐的声音。
4.我想也差不多该是时候了。
我不会再做了，我已经把留言消掉了，所以你不用担心。
不过，最近我常常在想，我到底是谁？我的容身之处又在哪里？哪里都没有可以容纳我的位子。
5.笨蛋，一定要这样数才会准啊！（下了莫大的决心做的决定，决定牺牲自己救其他人）
6.如果你让吉田伤心的话，我可不会原谅你喔。
7.原来我跟米粒是一样不能被落下的啊！
M6《贝克街的亡灵》
1.简直就像是丑恶的日本世袭制度的浓缩版景象，伴随着这种世袭制度，人类的错误历史也将不断的重演。
2.政治家的儿子将成为政治家，银行总裁的儿子将成为银行总裁，这样下去，不管过多久日本还是不会改变。
3.怎么样？这样行了吧。
4.（经典名言）你绝对不能放弃喔，工藤。
如果找不到帮助我们的角色，对我们而言，你就是福尔摩斯。
你拥有这种能力，没有什么案子是福尔摩斯解决不了的。
（日语原文：だめよ，工藤君，あきらめじゃ。
お助けて人がないなら，私たちにとってのホ-ムスはあなた，あなたにはそれだけに力がある。
ホ-ムスに解けない事件はないでしょう）
M8《银翼的魔术师》
1.看来你的字典里也没有“不可能”这三个字，工藤。
2.还有一种可能，或许你才是冒牌货。
M9《水平线上的阴谋》
1.不可能的，人是有感情的动物，而感情是看不见的，所以才会十分善变。
如果那只是友情或爱情也就罢了，但一旦因为某种契机，一旦转变成妒忌亦或是憎恨，杀意也随之萌生。
2.案件……真的仅此而已吗，工藤？
M10《侦探们的镇魂歌》
1.还有5秒。
再不快点打方向盘，5秒后会猛撞上墙壁哦。
2.那我们的性命就交给你了，名侦探。
3.这种表演，累死我了。
4.不想死就别动！（对元太）
M11《绀碧之棺》
1.我什么时候成了你的助手了？
2.你还真会说话。
M12《战栗的乐谱》
1.而且，我也相信着他，作为搭档。
2.我本来就不是小孩子。
3.托他（柯南）的福，我没少担惊受怕；但是在音乐课上，就是另一种意义的担惊受怕了。
M13《漆黑的追迹者》
1.能爬到那么上面的，估计只有江户川同学和猴子先生了。
2.即使我让你放手，你也不会听的吧。
3.你还不明白吗？你越是解开事件就越证明你是工藤新一啊！
M14《天空的遇难船》
我也想乘坐这翱翔空中的魔法之船，飞去云上的梦幻国度。
M15《沉默的15分钟》
1.不过有人正对其他事情入迷着呢。
2.只要稍不注意他（博士）就掉进肥胖症候群了。
3.那么，我也出一个谜语，在那些吃的里最适合博士吃的是哪个？答案是哪个都不行，都是肥胖的根源。
4.你（柯南）还真是一如既往的坚强啊。
5.绝对不会让你（柯南）一个人去的。
6.你作为一个小孩子也太乱来了吧。
名言：
人是不能改变时间的，如果强行逆天而行的话，人会受到惩罚的
——灰原哀
如果是我，我宁愿永远都不恢复记忆，做一个单纯的灰原哀，不知该有多好。
这样我就可以跟你永远在一起…维持现状…
——灰原哀
没错，她已经隐隐约约感到你的真实身分了。
继续欺骗她已经没有意义……只是徒曾伤害而已。
你的正义之眼看得穿邪恶之心，却看不透女人的心意吗？我从一开始见到你的时候就爱上你了，你没有注意到吗？
——灰原哀
因触发正义不顾一切查出真相…不想伤害别人，自己承受一切压力…你那少年壮志凛然不惧的精神，我越来越感兴趣…你知道吗？那种清醇的芳香…孤独、危险的气氛包围着她、我和你自己。
是啊！花是纤弱而短命的，即使维护起来，它们依然因喜恋阳光而枯萎，一旦暴风雨袭来，在金贵的栅栏也保护不了它们。
我想你明白了吧？工藤
——灰原哀
你知道吗？我的母亲在组织里被人怎么称呼？“HellAngel”
——灰原哀
追逐真相的你，把大家逼入绝境，就算什么都可以照出的镜子，可是却无法照出真实的样子。
——灰原哀
和买听装果汁的自动售货机一样，只要投入钱就满足你的渴望，没有钱就什么都没有，用钱是买不到人心的。
——灰原哀
我只是觉得无路可逃，不是鲨鱼，对方是一只海豚……没错，海豚是海洋中最受欢迎的哺乳动物……如果是从又黑又冷的海底逃出来的鲨鱼根本不能和它相提并论！
——灰原哀
你真傻，重要的不是跟谁学的知识，而是要把这些知识活用，现在的你对我来说是最好的救护人员。
谢谢你帮了我
——灰原哀
这样不是很好吗？可以忘记一切，远走高飞，逃到一个听不见任何嘘声、遥远的地方
——灰原哀
你不是告诉过我，不要逃避自己的命运吗？你会保护我的对不对？……不过我不象温室里弱不禁风的花朵，我不需要你的保护。
——灰原哀
夕阳—将世界像血一样染红了的，太阳的最终宿命……我还能看多少次，这种悲哀的天色。
——灰原哀
苹果是禁果。
以前亚当和夏娃吃过后，就被逐出了伊甸园。
所以它是“明辨是非的知识果实”。
——灰原哀
对，这是最好的办法。
即使侥幸逃过了这一次，等录口供的时候不管我愿不愿意都得跟那个人见面，如果我就这么消失了，我跟组织以及其他人之间的连接点也就跟着消失了……
我明明早就知道…明明早就知道从自己逃出组织起这个世界上就没有我的容身之处了……我……真傻……我真傻对不对，姐姐？
——灰原哀
每到这个日子就送心仪对象巧克力的这种恋爱游戏，大概只有在日本才有……其实情人节这一天的由来，是跟一个遭人严刑拷问最后被处死的神父圣瓦伦丁有关……
你侦探事务所的那个女朋友呢？希望到时你们可别像血染的情人节那样，留下痛苦的回忆……
看来你似乎已经顺利地用某种方法，从你那个看起来有点悲哀的女朋友那里拿到巧克力了……
物品会反映出创作者的心境……你看这些巧克力……虽然脸上带着笑容，可是表情是悲伤的……
心里明明很难过，不过还是强忍着泪水，硬挤出一丝笑容……真的是太勉强了……
——灰原哀
我不是来送死的……我来是为了结束这一切……就算你被抓起来了，只要我还活着……你们的追踪就会继续下去……以我的生命交换……你一个人的约定，除我以外，你不能对其它任何人出手……绝对不能……
——灰原哀
我拒绝……通过改变名字和住址变为另一个人的话，或许真的可以安全些……但那样会变得不断地重复同一件事……担心受怕地生活，如果自己的藏身之处被发现的话，又要再度的变为另一个人……永远地循环下去……而且，我还没有完全信任你们FBI……还有…还有…就是…因、因为我不想逃避……
——灰原哀
昨天真的很抱歉，我也知道这样做是很危险的，也知道得把这个习惯改掉才行……可是只要我一个人觉得寂寞、害怕得不得了的时候，就会不知不觉地拿起话筒，只想听听不到十秒的……姐姐的声音……
我想也差不多该是时候了……我不会再做了，我已经把流言消掉了，所以你不用担心……不过，最近我常常在想……我到底是谁？我的容身之处又在哪里？哪里都没有可以容纳我的位子…………
——灰原哀
工藤，不要放弃。
只有你，只有你能赢。
你就是我们的福尔摩斯。
——灰原哀
凤凰浴火重生，不是又一次生命，而是太难死去